บางตำนานได้กล่าวไว้ว่า ท่านเป็นบุตรคนแรกของพระศิวะ แต่ในคัมภีร์ไศวนิกาย ได้กล่าวถึงพญานิลกาฬนาคราชไว้ว่า

ในระหว่างที่ทำพิธีการกวนเกษียรสมุทร โดยใช้พญาวาสุกรีนาคราช พันรอบเขามันทรคีรี แล้วให้ฝ่ายอสูรจับฝั่งหัวของพญาวาสุกรี เทวดาจับฝั่งหาง ระหว่างทำพิธีกวนเกษียรสมุทร พญาวาสุกรีทนความเจ็บปวดไม่ไหว จึงได้คายพิษออกมาจำนวนมาก พิษของพญานาควาสุกรีรุนแรงมาก หากตกมายังโลกมนุษย์ จะลุกเป็นไฟบรรลัยกัลป์

​

พระศิวะเทพจึงได้ทำการกลืนพิษของพญาวาสุกรีไว้ที่คอ หลังจากที่พระศิวะกลืนพิษของพญานาควาสุกรีไว้ที่คอแล้ว ท่านได้เดินทางมายังเทือกเขานิลกัณฐ์ (ปัจจุบันอยู่ทางตอนเหนือเมืองฤาษีเกศ ประเทศอินเดีย) เพื่อบำเพ็ญตะบะ แต่ก็ยังมีพิษบางส่วนที่หยดออกมาจากมุมปากของพระศิวะ ตกมาที่เขานิลกัณฐ์นี้ ทำให้พื้นดินของเขาลูกนี้เป็นสีดำ และจะลุกเป็นไฟ

​

ที่เขานิลกัณฐ์นี้เป็นที่อยู่ของพญานิลกาฬนาคราช เมื่อพญานิลกาฬนาคราชได้เห็นเหตุการณ์ จึงได้เข้าไปดูดกลืนพิษพญาวาสุกรีนาคราชไว้ ไม่ให้เขาลูกนี้ต้องลุกเป็นไฟ และในระหว่างที่พระศิวะ ได้นั่งบำเพ็ญอยู่ที่เขานิลกัณฐ์ พญานิลกาฬก็ได้ใช้ลำตัวพันรอบภูเขา เพื่อปกป้องพระศิวะขณะบำเพ็ญตะบะ

 

หลังจากที่พระศิวะออกจากการบำเพ็ญ ก็ได้รับรู้ถึงการกระทำของพญานิลกาฬนาคราชมาโดยตลอด จึงเรียกพญานิลกาฬนาคราชมาเข้าเฝ้า และได้สรรเสริญการกระทำของพญานิลกาฬว่าเป็นผู้ที่เสียสละ และภักดีต่อพระองค์ พระศิวะจึงได้ประทานพรให้พญานิลกาฬนาคราช ให้เป็นผู้มีพิษมากเหนือหมู่นาค ให้มีเกล็ดเป็นนิลดำ ไม่มีอาวุธใดสามารถทำร้ายได้ และเป็นอมตะ คอยปกปักรักษาคุ้มครองมวลมนุษย์และคอยปราบมารทั้งหลาย

 

พญานิลกาฬนาคราช ท่านชอบบำเพ็ญอยู่ตามถ้ำตามภูเขา รักสงบมิชอบความวุ่นวาย อยู่ครองคู่กับแม่ย่านาคินีกัญญาวดีเทวี นอกจากนั้นท่านทั้งคอยดูแลทะนุบำรุงพุทธศาสนาและรักษาทรัพย์แผ่นดิน ท่านจึงมีทรัพย์มาก เมื่อถึงเวลากึ่งพุทธกาล ท่านจะขึ้นมาตามลูกหลานของท่านให้บำเพ็ญปฏิบัติธรรม ให้อยู่ในคุณงามความดี ลูกหลานของท่านคนไหนปฏิบัติตาม ท่านก็จะคอยดูแลปกปักรักษา และมีทรัพย์ไม่ขาดมือ ขอให้ลูกหลานของปู่นิลกาฬทุกท่าน จงมีแต่ความสุขความเจริญทั้งทางโลกและทางธรรม จงมีทรัพย์สินเงินทองไหลนองเทมาไม่ขาดมือ จงชนะอุปสรรรคและศัตรูหมู่มารทั้งมวล ด้วยบารมีปู่นิลกาฬนาคราช

​

เรียบเรียงประวัติโดย อาจารย์ไก่